В связи с расширением тематики в Мардакянском дендрарии сейчас имеются следующие структурные подразделения: лаборатория интродукции, занимающаяся интродукцией декоративных древесных, цветочных и травянистых растений с целью озеленения курортов Апшерона; лаборатория эфирномасличных культур, которая занимается интродукцией и выявлением ценных эфирномасличных растений из местной флоры; технологическая лаборатория - изучается химический состав и разрабатываются способы получения эфирных масел, дубильных экстрактов, лекарственных веществ и пряностей из различных растений; лаборатория анатомии и морфологии растений; лаборатория генетики и селекции, В дендрарии создается ботанический музей.
С 1970 г. ведется планомерное благоустройство территории дендрария, возводятся малые архитектурные формы, строятся бассейны, теплицы, оранжереи, парники.

В последние годы с 1996 по 1999 г.г. в Мардяканском Дендрарии были проведены капитальные востановительные работы под руководством ее директора Тофика Мамедова. Были построены новые здания и реставрированы старые. Был обновлен многочисленный парк различных растений.
В Дендрапарке имеются следующие объекты и парки:

·    конференц-зал, для проведения различных научных семинаров и конференций, рассчитанный на 200 человек;

·    банкетный зал;

·    комнаты для посетителей;

·    здания построенные по французскому проекту "Gotik";

·    различные научные лаборатории;

·    исскуственный водопад;

·    уникальный глубокий водяной колодец;

·    маленькие парки для отдыха посетителей;

·    водоем с лодками.